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中科院读研可能更累一些，同样的科研成果可能也更多一些；985院校读研的话，由于有的老师还要上课，对于学生的关注相比中科院要少一些。但是这些只是多数情况，也并非全部都这样。
不同：
1.中科院的话在这里的大部分都是科研人员，学生的数量每年就那么多，在招生完毕的时候，可能会给分到不同的下面的子课题组。由于科研院所大部分是科研人员，他们的上班时间比较规律，这样的话学生的作息规律就要跟他们一样，所以时间可能会卡的比较严。再就是有可能再与你的导师在一个办公室的话，也是有可能的。而在985院校在作息规律上可能要求的就稍微差一点，一般只要在你的老师找你的时候，你在就行，或者就算在宿舍很快也能到，在时间上可能要求的不如科研院所严。
2.中科院读研的话，由于大部分人员都是科研人员，他们是正常上下班的那种的，那么学生的话也跟上班差不多，因此对于学生的补助可能会比985院校要多一些，而且科研院所的补助有可能也是所里统一发。而对于985院校则可能会差一些，除了国家每个月的补助，在其他补助方面发多少一般都是有自己的导师决定，这个每个导师就会不一样。
3.中科院的话科研实力是没得说的，院士、长江学者的会一大堆，因此科研实力综合来看是要高于所有高校的，但是要是具体到某一个方面的话，有的领域985院校是要好一些的，但是综合来看中科院是要高于任何一所院校的。
4.科研氛围中科院也要好的，由于里面大多数都是科研人员，大家在做的事情就是科研，每天想的也都是科研，因此中科院的科研氛围要好一些。985院校由于还是高校，会有着这样那样的事情，导师也回去给本科生上课，科研氛围跟中科院是要差一些，但是由于是在高校能接触到别的领域的学生，也能更好的了解别的领域的东西，而且高校专业多，中科院具体到某个研究所的话可能他的资料就是所研究的领域很强，但是想了解别的领域的东西时不如985院校的。
第一，单位性质不同。中科院是研究单位，主要任务是研究，培养人是辅助的。985高校是教学单位，是以培养人才为主，出研究成果是辅助的。
第二，研究选题的灵活度不同。中科院承接的都是国家课题，是职业任务，必须受到各种约束，灵活性差；高校是学习性研究，不一定能拿到政府的课题，更多的是师生共同寻找研究方向，只要双方同意，即可在某一专题上开展研究。
第三，中科院的课题往往都是有经费的，师生活动和补贴相对方便，完成课题有经费保障；在高校有很多研究，不一定都能拿到国家的资助资金，所以有些研究实际上是没有经费的，文献法和调研最省钱，昂贵的实验没有经费保障。
第四，院与校的学科氛围不同。中科院学科门类相对单一；在985大学里边，学科门类和学习环境相对比较综合、丰富，创新思路比较开阔，似乎高校出思想比出实验数据更多。
第五，“师徒”与师生关系不同。在科研院所读硕士、博士，主要是靠导师本人的实力和当时任务来引导学生的学习和跟进研究，有些像师傅带徒弟，形成紧密的“师徒关系”。师傅手里有什么活，徒弟就干什么。整天与导师“工作”在一起，师傅是什么样的，以后徒弟学出来可能就是什么样的。学生像是“圈养的学生”。在高校，教师非常多，教师还有本科生教学任务等等，手中“活”相对比较宽泛和规律（年年任务基本相同）。学校的环境比较宽松，学生还是被批量式的培养，像是“散养的学生”。高校导师指导学生的规则就比较统一、规范化。最终高校毕业的研究生与导师还是“师生关系”，仅比本科生的师生关系密切一点而已。
所以，从以上特点分析，我个人建议：如果是硕士阶段的学习，最好还是在985高校进行，好好接受规范性的研究方法“培训”，好好研究如何规范及方法。作为博士阶段，最好是能在中科院去，“真刀真枪”真实地协助研究国家的重大项目，争取有所创造，有所发明，站在国际平台上，为国争光。
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